Органами управления фонда являются совет фонда, правление фонда и исполнительный директор фонда.
Является высшим коллегиальным органом фонда. Назначение председателя и членов совета фонда, а также прекращение их полномочий осуществляются Президентом Российской Федерации.
Является коллегиальным исполнительным органом фонда. Назначение членов правления фонда, в том числе исполнительного директора, и прекращение их полномочий осуществляются советом фонда. Правление осуществляет текущее руководство деятельностью фонда, за исключением решения вопросов, отнесенных к компетенции совета фонда и исполнительного директора.
Является надзорным органом фонда. К компетенции попечительского совета относятся: осуществление надзора за деятельностью фонда и соблюдением им законодательства Российской Федерации, осуществление надзора за использованием средств фонда, надзор за принятием советом фонда, правлением фонда и исполнительным директором фонда решений и обеспечением их исполнения. Попечительский совет фонда осуществляет свою деятельность на общественных началах.
28 июля 2026 года в Доме Российского исторического общества прошёл круглый стол, посвящённый истории отечественных гидрометеорологических наблюдений. Участники круглого стола рассмотрели развитие отечественной гидрометеорологии, влияние климатических изменений на исторические процессы и роль метеорологов в обеспечении военных операций.
26 июня в Смоленском государственном университете стартовала всероссийская научная конференция «Публичная и конфессиональная дипломатия эпохи холодной войны: истоки, практики, акторы», организованная отделением Российского исторического общества в Смоленской области при поддержке фонда «История Отечества», в рамках реализации национального проекта «Молодёжь и дети».
В рамках проекта будет представлена выставка к 200-летию создания отделений Собственной Его Императорского Величества канцелярии. Она познакомит посетителей с деятельностью астраханских губернаторов XIX – начала XX века, которая проходила в тесной взаимосвязи с центральными органами управления Российской империи, в том числе и с Собственной Его Императорского Величества канцелярией.

У крымских татар есть традиция восприятия России как своей Родины. Основателем и приверженцем этой традиции можно по праву считать русского дворянина, великого крымско-татарского просветителя Исмаила Гаспринского (1851-1914).
14 ноября 2024 года в Доме русского зарубежья имени Александра Солженицына состоялось вручение наград XVIII Международного кинофестиваля «Русское зарубежье». Фильм «Я найду тебя, отец!», созданный при поддержке фонда «История Отечества», получил специальный приз жюри в номинации лучших неигровых фильмов.
В Институте археологии и этнографии Сибирского отделения РАН стартовала молодёжная полевая школа «Древности Саяно-Алтая». Школа работает при поддержке фонда «История Отечества» и предоставляет студентам уникальную возможность стать участниками археологических экспедиций под руководством ведущих специалистов института.
Федеральное архивное агентство, Российское Историческое Общество, Российский государственный архив социально-политической истории, при участии Государственного архива Российской Федерации, при поддержке фонда «История Отечества» представляют историко-документальную интернет-выставку к 100-летию образования СССР