Органами управления фонда являются совет фонда, правление фонда и исполнительный директор фонда.
Является высшим коллегиальным органом фонда. Назначение председателя и членов совета фонда, а также прекращение их полномочий осуществляются Президентом Российской Федерации.
Является коллегиальным исполнительным органом фонда. Назначение членов правления фонда, в том числе исполнительного директора, и прекращение их полномочий осуществляются советом фонда. Правление осуществляет текущее руководство деятельностью фонда, за исключением решения вопросов, отнесенных к компетенции совета фонда и исполнительного директора.
Является надзорным органом фонда. К компетенции попечительского совета относятся: осуществление надзора за деятельностью фонда и соблюдением им законодательства Российской Федерации, осуществление надзора за использованием средств фонда, надзор за принятием советом фонда, правлением фонда и исполнительным директором фонда решений и обеспечением их исполнения. Попечительский совет фонда осуществляет свою деятельность на общественных началах.
17–19 ноября 2025 года в Санкт-Петербургском институте истории РАН и Санкт-Петербургском отделении РАН состоялась Всероссийская научная конференция «Декабристы в исторической судьбе России: к 200-летию событий на Сенатской площади. 1825–2025». Мероприятие организовано при поддержке фонда «История Отечества».
27 октября 2025 года в Санкт-Петербургском филиале Института истории естествознания и техники имени Сергея Ивановича Вавилова РАН состоялось торжественное открытие и пленарное заседание XLVI Международной годичной научной конференции «Научное изучение и освоение России и сопредельных территорий», организованной в рамках Десятилетия науки и технологий в России и при поддержке фонда «История Отечества».
12 ноября 2025 года в Северо-Осетинском государственном университете имени Косты Хетагурова состоялось открытие историко-документальной выставки «Нюрнбергский процесс. Невыученные уроки истории» и круглый стол «Ни давности, ни забвения». Экспозиция организована отделением Российского исторического общества в Республике Северная Осетия – Алания при поддержке фонда «История Отечества».
В 1857 году в Российской империи стали готовиться к празднованию 1000-летия Руси - тысячелетию призвания Рюрика на княжение. Объявили конкурс на лучший проект памятника, который решено было поставить в Новгороде, куда, согласно легенде, варяга и призвали. В какой-то момент появилась идея, которая очень пришлась всем по душе, чтобы на памятнике присутствовали фигуры особенно заслуженных перед Россией людей.
В Институте археологии и этнографии Сибирского отделения РАН стартовала молодёжная полевая школа «Древности Саяно-Алтая». Школа работает при поддержке фонда «История Отечества» и предоставляет студентам уникальную возможность стать участниками археологических экспедиций под руководством ведущих специалистов института.
Федеральное архивное агентство, Российское Историческое Общество, Российский государственный архив социально-политической истории, при участии Государственного архива Российской Федерации, при поддержке фонда «История Отечества» представляют историко-документальную интернет-выставку к 100-летию образования СССР